众所周知，水里面是有杂质的，即便是蒸馏水在加到水箱后也不可能完全保证一点杂质都没有。对于水循环而言，一般温度都设置在20℃，特别适应微生物的生长和繁衍。时间长了以后这些微生物就会堵塞水路的过滤器造成回水不畅，水泵就会有较大的噪音。低温恒温槽就给这些微生物提供了适应的条件。
有时这些微生物附在了换热器的表面，造成换热器的传热效果变差，制冷量变小。所以在使用恒温槽时一定要严格按照说明书中的要求做好日常维护工作，定时清洗内槽，长期停用的话一定要保持槽内干燥。
有人可能会遇到漏水现象，一般来说在正常使用的过程中，水路是不会有泄漏的。在环境温度比较高空气中的相对湿度又太大时，在水循环的水路中的水泵、水管接头、外接水管处容易凝结露水，累积多了以后就滴到地面上了，不用担心是水路中有漏水的地方。也可以打开空调降低房间温度或是除湿来避免露水的产生。
